据饮用水研究权威、清华大学环境学院教授王占生认为，不合格水对人体的危害，有看得见的，有看不见的。看得见的通常是微生物污染危害，可能致人突发急性疾病，好在国人习惯饮用开水，可以杀死微生物污染物，这个危害表现并不明显。

看不见的危害，容易被忽视但更值得关注。自来水的有机化合物总量（CODMn）超标易导致慢性疾病。王占生说，饮用有机化合物总量超标的水，“一天两天没问题，半年一年看不出问题，但有机化合物会在人体中富积，最终对身体造成危害，严重时可能致癌、致畸、致突变。”

有机化合物总量是指以高锰酸钾为氧化剂所测定出的水中COD值。COD俗称化学需氧量，表示水中还原性物质（各种有机化合物、亚硝酸盐、硫化物等）数量多少。美国环保总署曾发布报告称，现有检测技术发现水中有2221种有机化合物，在饮用水中发现有756种，其中有20种致癌物，23种可疑致癌物，18种促癌物和56种致突变物。

王占生称，这些有机化合物中，相当一部分是环境激素，又叫内分泌干扰物。环境激素有四方面的危害，会让人免疫力降低，会影响人的生育能力，会致癌症，会对人神经系统产生干扰。中国疾病控制中心环境与健康相关产品安全研究所主任鄂学礼，2006年在论文《饮水污染对健康的影响》中，引述了国内在多地水厂出厂水中检测到环境激素的情形。